Dans ce milieu de travailleurs, ses penchants syndicalistes commencèrent à apparaître et il s'intéressa à la défense des intérêts des travailleurs algériens. Ceci conduisit ses camarades à l'élire en tant que membre de la commission exécutive des travailleurs du secteur d'Etat, qui était une commission affiliée aux syndicats communistes français.
Dans le cadre de son activité syndicale au sein de cette commission, il réalisa que les syndicats français même de tendance communiste n'accordaient pas le même intérêt aux problèmes du travailleur algérien qu'aux préoccupations des travailleurs européens.
A son retour en Algérie, l'idée de fonder une organisation syndicale algérienne commença à le préoccuper. Les idées d'Aïssat Idir suscitèrent des réserves de la part des syndicats français lesquelles commencèrent à œuvrer pour l'écarter des postes de responsabilité.
En 1951, la police française prit d'assaut l'usine dans laquelle il travaillait et il fut arrêté avec 10 autres travailleurs algériens. Ils ne furent libérés que dix jours plus tard.
Par la suite, il occupa un autre emploi à la caisse d'allocations familiales du secteur du Bâtiment et Travaux Publics et devint responsable du comité central des affaires syndicales relevant du Mouvement pour le Triomphe des Libertés Démocratiques de 1949 à 1954.
Cependant, son action en vue de propager l'idée du syndicalisme algérien fut la cause de son arrestation une seconde fois par les autorités coloniales. Le 22 décembre 1954, il fut libéré.